L’association a été créée en 2002 par Colette Marchal et Antoine Waechter.

En 1994, ce dernier, alors élu du Conseil régional, crée le Comité régional du Paysage alsacien, avec le soutien d’Hubert Haenel et d’Henri Goetschy. L’objectif est de réunir les élus, l’Etat et les chambres consulaires afin de définir une politique commune en faveur des paysages. Le Comité est dissout en 2000 sur le constat qu’il est impossible d’obtenir un accord des différents acteurs.

Paysages d’Alsace prend la suite sur une base différente, la mobilisation des citoyens. Colette Marchal préside les dix premières années de l’association et en crée la base militante. Mobilisation pour le site du Morimont, opposition au Loisium de Voegtlinshoffen, multiplication des expositions, organisation d’une formation pour les élus, marquent son mandat.

Daniel Daske prend la relève en 2012. Il initie les sorties guidées, un courrier aux 896 maires d’Alsace, engage l’action pour la préservation de la nuit contre la pollution lumineuse et essaie de faire respecter l’engagement de démonter le radôme du Grand Ballon lorsque celui-ci ne sera plus utilisé par l’aviation civile.

Enfin, Antoine Waechter préside l’association depuis 2016.